Первое приложение для Android для анализа полос гелей (агарозы и PAGE) с логарифмическим масштабированием.
*В соответствии с изменениями в ОС Android, доступ к локальным файлам осуществляется с помощью ES File Explorer, который позволяет рутировать диск/SD-карту. Вам нужно будет зайти в ES File Explorer, чтобы сначала выполнить рутирование. Обратите внимание, что поддержка Dropbox прекращена из-за изменений в Android и Dropbox.
Это первое приложение для Android, которое позволяет анализировать полосы геля (как агарозного, так и PAGE) с помощью логарифма, автоматически создаваемого на основе маркеров. Это обеспечивает автоматическое обнаружение и загрузку для будущего использования. Используя фильтр Габора, это приложение позволяет пользователям автоматически улучшать обнаружение полос. Для изображений низкого качества пользователи могут щелкнуть мышью и вручную нарисовать рамку на нужной полосе или щелкнуть изображение, чтобы определить указанное местоположение.
Изображения можно загружать из галереи или Dropbox, что очень удобно. Лучшие изображения — те, которые создаются с помощью сканеров, но будут работать и с хорошо сделанными фотографиями с мобильных камер.
Фотографии следует делать в прямой плоскости с гелем.
Особенности этого приложения включают в себя:
1) Спецификация агарозы или ПААГ.
2) Цветовая идентификация маркерных полос для PAGE.
3) Расширенные фильтры изображений – Гарбор.
4) Автоматизированная обработка изображений с настраиваемым пользовательским вводом при необходимости.
5) Сохранение настроек обработки изображений для удобства в будущем.
6) Сохранение маркеров для удобства в будущем при использовании одних и тех же маркеров.
7) Простой пользовательский интерфейс на основе кнопок.
8) Автоматическое обнаружение полос.
9) Простой ограничивающий прямоугольник, определяемый пользователем.
10) Автоматически создается лог-график маркера.
11) Определяемое пользователем расположение определенных диапазонов.
12) Совместимость с альбомной и портретной ориентацией планшетов и смартфонов разных размеров.
13) Совместимость с функциями скриншотов анализируемых гелевых и лог-графиков смартфонов и планшетов для публикаций или отчетов.
14) Показания отображаются в виде геля с выделенными прямоугольниками и рассчитанным размером полосы.
15) Функция обрезки изображений перед анализом.
16) Функция редактирования для удаления ненужных полос.
17) Разноцветные коробочки для маркеров и лент.
18) Простой прямой доступ к галерее изображений.
19) Совместим с Sybr Green, анализом агарозного геля EtBr.
20) Прямой доступ к камере.
Преимущества использования этого приложения для публикаций
1) Повышает точность анализа геля вместо того, чтобы полагаться на приближения.
2) Добавляет ценность публикациям и отчетам.
3) Полезный инструмент обучения для студентов, изучающих естественные науки.
4) Оптимизированный анализ, снижающий количество человеческих ошибок и субъективности — теперь вы можете доверять значениям, сообщаемым стажерами и менее опытным персоналом!
5) Анализ на ходу с помощью смартфона/планшета.
6) Автоматизированный анализ – нет необходимости в миллиметровой бумаге и утомительном построении графиков.
7) Приложение БЕСПЛАТНО!
8) Приложение является автономным, доступ в Интернет не требуется (за исключением анализа Dropbox).
Пользователи Android 6 могут получать изображения из локальной галереи «Изображения». Пользователи более ранних версий Android будут иметь поддержку DropBox. Это связано с изменениями в Android 6 и находится вне нашего контроля.
Инструкции по использованию смотрите в видео по адресу https://www.youtube.com/watch?v=Chlzhy8d_KA&feature=youtu.be.
Руководство пользователя доступно в формате pdf по адресу http://tinyurl.com/GelApp.
*У последних моделей телефонов, например Samsung Note 8, могут возникнуть проблемы с сохранением данных с камеры. Если есть такие проблемы, используйте галерею.
Для цитирования используйте:
Сим, JZ.*, Нгуен, PV.*, Ли, HK., Ган, SKE. (2015). GelApp: мобильный анализатор для гель-электрофореза. Замечания по применению методов природы. дои: 10.1038/an9643
ИЛИ к программному обеспечению прямо в магазине приложений.
Сим, Дж. З., Нгуен, П. В., Ган, SKE (2014) Gelapp: Анализатор геля DNA&Prot v1.2. [Программное обеспечение для мобильных устройств]. Получено с https://play.google.com.
Это приложение является продуктом Лаборатории разработки антител и продуктов Отдела трансляционных исследований Института биоинформатики Агентства науки, технологий и исследований Сингапура.
Создатели: г-н СИМ Цзя Чжи, г-н НГУЕН Пхи Ву и д-р Самуэль ГАН.
(стажер Политехнического института) (научный сотрудник) (помощник главного исследователя)
Читать далее
