対数スケーリングを使用してゲル (アガロースおよび PAGE) バンドを分析するための初の Android アプリ
※Android OSの変更に伴い、ドライブ/SDカードをroot化するESファイルエクスプローラーを使用してローカルファイルにアクセスしてください。最初に ES ファイル エクスプローラーにアクセスして root 化を実行する必要があります。 Android と Dropbox の変更により、Dropbox のサポートが削除されることに注意してください。
これは、マーカーから自動的に生成された対数グラフを使用してゲル (アガロースと PAGE の両方) バンドを分析できる最初の Android アプリです。これにより、将来の使用に備えて自動検出とロードが可能になります。このアプリでは、ガボール フィルターを利用して、バンドの検出を自動的に改善できます。画像の品質が低い場合は、ユーザーは、クリックして目的のバンド上にボックスを手動で描画するか、画像をクリックして指定された位置を決定できます。
ギャラリーやドロップボックスから画像を読み込めるのでとても便利です。最良の画像はスキャナーで生成されたものですが、モバイル カメラでよく撮影された写真でも機能します。
写真はゲルの直接面で撮影する必要があります。
このアプリの機能は次のとおりです。
1) アガロースまたは PAGE の指定。
2) PAGE のマーカー バンドの色識別。
3) 高度なイメージング フィルター - Garbor。
4) 必要に応じてカスタマイズされたユーザー入力による自動画像処理。
5) 将来の利便性のために画像処理の設定を保存します。
6) 将来同じマーカーを使用する際の利便性のためにマーカーを保存します。
7) シンプルなボタンベースのユーザーインターフェイス。
8) バンドの自動検出。
9) 単純なユーザー定義の境界ボックス。
10) マーカーのロググラフが自動生成されます。
11) 特定のバンドのユーザー定義の位置。
12) 複数のサイズのタブレットやスマートフォンの横向きおよび縦向き表示との互換性。
13) 出版物やレポート用に分析したゲルやロググラフのスマートフォンやタブレットのスクリーンショット機能に対応しました。
14) 読み取り値は、強調表示されたボックスと計算されたバンド サイズとともにゲル画像に表示されます。
15) 解析前の画像のトリミング機能。
16) 不要なバンドを削除する編集機能。
17) マーカーとバンド用の異なる色のボックス。
18) 画像の画像ギャラリーへの簡単な直接アクセス。
19) Sybr Green、EtBr アガロースゲル分析と互換性があります。
20) カメラへの直接アクセス。
このアプリを出版物に使用する利点
1) 近似値に頼るのではなく、ゲル分析の精度が向上します。
2) 出版物やレポートに付加価値を与えます。
3) 科学の学生にとって便利な教育ツール。
4) 合理化された分析により、人的エラーと主観が軽減されます。研修生や経験の浅いスタッフによって報告された値を信頼できるようになりました。
5) スマートフォン/タブレットを使用した外出先での分析。
6) 自動分析 - グラフ用紙や面倒なプロットは必要ありません。
7) アプリは無料です!
8) アプリは自己完結型であり、インターネット アクセスは必要ありません (ドロップボックス分析を除く)。
Android 6 ユーザーは、ローカルの「画像」ギャラリーから画像を取得できます。以前の Android バージョンのユーザーは DropBox をサポートします。これは Android 6 の変更によるものであり、当社では制御できません。
使用手順については、https://www.youtube.com/watch?v=Chlzhy8d_KA&feature=youtu.be でビデオをご覧ください。
ユーザーガイドは http://tinyurl.com/GelApp で PDF として入手できます
*Samsung Note 8 などの最新の携帯電話では、カメラの保存に問題が発生する可能性があります。このような問題がある場合は、ギャラリーを使用してください。
引用するには、以下を使用してください。
シム、JZ.*、グエン、PV.*、リー、香港、ガン、SKE。 （2015年）。 GelApp: モバイルゲル電気泳動分析装置。ネイチャーメソッドのアプリケーションノート。土井:10.1038/an9643
または、App Store でソフトウェアを直接入手する
Sim、JZ、Nguyen、PV、Gan、SKE (2014) Gelapp: DNA&Prot ゲル アナライザー v1.2.[モバイル アプリケーション ソフトウェア]。 https://play.google.com から取得
このアプリは、シンガポール科学技術研究庁バイオインフォマティクス研究所トランスレーショナルリサーチ部門の抗体および製品開発ラボの製品です。
作成者は、SIM Jia Zhi 氏、NGUYEN Phi Vu 氏、Samuel GAN 博士です。
(ポリインターン) (研究員) (研究主任補佐)
続きを読む
